Africa-Places.com ने दक्षिण सूडान में लगभग 63 ग़ैर सरकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। दक्षिण सूडान के कुछ टॉप रेटेड ग़ैर सरकारी संगठन हैं। डब्ल्यूएफपी मालाकाली, डब्ल्यूएचओ (विश्व स्वास्थ्य संगठन), डब्ल्यूएचओ (विश्व स्वास्थ्य संगठन), नॉर्वेजियन पीपुल्स एड (एनपीए), यूएनएचसीआर, यूएनएचसीआर, यूएनएचसीआर, यूएनएचसीआर, योजना अंतर्राष्ट्रीय दक्षिण सूडान देश कार्यालय & योजना अंतर्राष्ट्रीय दक्षिण सूडान देश कार्यालय।